Vor langer Zeit wurde der Kontinent Akaneia vom Schattendrachen Medeus und seinem Imperium von Doluna heimgesucht.  Anri, ein alteanischer Jugendlicher, stellt sich gegen Medeus.  Sein heiliges Schwert Falchion durchdringt die Schuppen des Drachen und bringt dem Kontinent Frieden. 

Nach einem Jahrhundert wird Medeus jedoch durch  den dunkelen Zauberer Gharnef wiederbelebt. Zusammen mit den Königreichen von Medon und Grust wollen sie die Welt erobern.  Cornelius, der König von Altea und Nachfolger Anris, nimmt Falchion und zieht in die Schlacht.  Seinen Sohn Marth und seine Tochter Elice schickt er zu seinem Verbündeten, Gra.  Doch Gra verrät Altea.  Die Truppen von Medeus und Gharnef zwingen Marth, zu fliehen, während Elice zurückbleibt um Marth Zeit zu kaufen.  Cornelius wird ind er Schlacht getötet und das Falchion fällt an Medeus.  Mit ein paar loyalen Rittern findet Marth auf der Insel Talys Zuflucht.
 

Ein paar Jahre später wehrt Marth eine Pirateninvasion vor den Küsten von Talys ab.  Der König von Talys schließt daraus, dass Marth kräftig genug ist, sich gegen Doluna zu stellen; er versorgt den alteanischen Prinz mit Truppen und gestattet seiner Tochter, Prinzessin Shiida, Marth zu begleiten.  Zuerst befreit Marth das Königreich Aurelis, das als letztes Land noch nicht von Doluna und seinen Allierten bezwungen wurde, und sichert sich die Loyalität von Hardin, dem Bruder des Königs von Aurelis und seinen Rittern.  Auch trifft er auf Prinzessin Nyna, die den Widerstand gegen Doluna anführt.  Sie übergibt Marth die Heeresführung und das Fire Emblem, ein mächtiges Artefakt, dass den Träger als Helden und Retter auszeichnet.

Nach und nach bezwingen sie Grust und Gra, doch Gharnef können sie nicht anrühren.  Sein Zauberbuch Imhullu schützt ihn vor jeglichem Schaden.  Der Weise Gotoh informiert ihn, dass nur das zauberbuch Sternenlicht ind er Lage ist, Imhullu zu durchbrechen.  Marth sucht die Zutaten, um Sternenlicht herzustellen und weckt dabei einen weiteren mächtigen Verbündeten:  Den heiligen Drachen Tiki.  Sie ist fähig, sich Medeus zu stellen, sollte Marth Falchion nicht mehr zurückbekommen können.   Schließlich besiegt Marth auch Medon und Gotoh stellt Sternenlicht her.  Nun ist es Marth möglich, Gharnef zu bezwingen und Falchion zurückzubekommen.  Endlich kann er sich gegen Doluna wenden und mit der vereinten Kraft des heiligen Drachen und des heiligen Schwertes wird Medeus einmal mehr besiegt.  Marth bringt dem Kontinent Frieden, heiratet Shiida und nimmt seinen Platz als rechtmäßiger König von Altea ein.